Hacen parte de esta colección 1.009 piezas entre las que se encuentran trilobites, amonitas, restos de un mastodonte encontrados en el rio Pozo por parte del Hermano Marco Antonio Serna, un colmillo de mamut con más de 500000 años de antigüedad procedente de Canadá, el cual fue obsequiado al Museo por parte del presidente de la Junta Militar que derrocó al General Rojas Pinilla y exalumno del Colegio San José de La Salle, Rubén Piedrahita. También se encuentran unas interesantes piezas de madera fosilizada.