El Observatorio Astronómico del ITM fue una iniciativa propuesta desde el año 1941 por el hermano Daniel de la comunidad Lasallista de Medellín, en el marco de una sesión de la Sociedad Científica de Caldas, liderada por el religioso y compuesta por alumnos del Colegio san José de La Salle. Esta propuesta, tuvo finalmente su realización a finales de la década de los años cincuenta del siglo pasado; el proyecto tomó forma con la puesta al servicio de la comunidad del Colegio y sus clubes científicos, de la cúpula y el telescopio donado por el empresario y filántropo Diego Echavarría Misas. Desde sus inicios, el observatorio, fue considerado como un espacio para la enseñanza de la astronomía en Medellín, donde se formaron los primeros entusiastas y profesionales de este campo en la ciudad.

El funcionamiento de este lugar no transcurrió de manera continua y sistemática durante el año de 1960 y la década de los años ochenta. Situación que devino en un abandono parcial del lugar a finales de ésta década que propició posteriormente el desuso del observatorio a finales de los años noventa; situación que provocó el deterioro de la infraestructura y la cúpula del mismo.

En el año 2006, el ITM tomo en comodato el Campus Fraternidad, desde entonces la administración de la institución se planteó la posibilidad de reformar el observatorio y recuperar la historia del mismo. El proyecto fue presentado a la rectoría en el año 2008 y solo hasta el año 2010 pudo llevarse a acabo y trazar la posibilidad de revivir la propuesta como una espacio pedagógico y de apropiación social del conocimiento liderado por el Museo de Ciencias Naturales de La Salle, debido a que ambos espacios, Museo y Observatorio, compartían un pasado histórico común, ya que su fundador, el Hermano Daniel, también fue director del Museo. Finalmente en el año 2011 el proyecto fue apoyado decididamente por la rectoría, asignándole recursos para iniciar la compra de equipos y adecuar la infraestructura para su funcionamiento. El 12 de mayo del año 2015, el observatorio astronómico del ITM fue inaugurado y puesto en funcionamiento como un proyecto académico, divulgativo y científico al servicio de la comunidad estudiantil y la ciudad.