Fue fundado en 1913 por los Hermanos de la Salle y por más de un siglo ha estado comprometido con la preservación, la investigación y la divulgación del patrimonio cultural y natural de Antioquia, gracias a la interdisciplinariedad entre las ciencias básicas, sociales y humanas; generando acciones que se concretan en proyectos expositivos, educativos e investigativos que conjuguen el arte, la ciencia y la tecnología; haciendo énfasis en el respeto por la diversidad biológica y cultural, la dignidad humana y el medio ambiente.
Los Hermanos de La Salle han sido actores fundamentales para el reconocimiento de la biodiversidad en el país. Desde principios del siglo XX, documentaron la biota Antioqueña develando nuevas especies para el reconocimiento de la biodiversidad, aportando su conocimiento y entusiasmo en campos disciplinares específicos de la ornitología, la botánica, la mastozoología y otras ramas de las ciencias naturales. Con los ejemplares que colectaron fundaron varios museos en el país, entre ellos, el Museo de Ciencias Naturales de la Salle. De estos se destacan 109 ejemplares Tipo, los cuales corresponden a especímenes con los que describieron nuevas especies de animales para la ciencia. Estos especímenes correspondieron a un ave, un arácnido, dos serpientes, tres peces y 102 individuos entre ranas y lagartos. Este legado es una expresión de la biodiversidad que nuestro territorito alberga, la cual nos aporta conocimientos de éstas especies y los ecosistemas que habitan.
El primer ejemplar recolectado para el Museo fue el ave conocida como Piranga Cabecirroja, cuyo nombre científico es Piranga rubriceps. Este espécimen procedente del corregimiento de Santa Elena, fue recolectado por el Hermano Nicéforo María en el año1911. Este Hermano es uno de los científicos más destacados que han dirigido el Museo de Ciencias Naturales de La Salle, siendo su primer director entre 1913 y 1922. para 1922 fue trasladado al Museo de La Salle en Bogotá. En 1933, el Hermano Daniel llega al Museo y por 37 años funge como su director. Durante este periodo funda de la Sociedad de Ciencias Naturales de Caldas; con este grupo reactivó la adquisición de nuevos especímenes para las colecciones de zoología, paleontología y botánica. En 1971, llega el Hermano Marco Antonio Serna a la dirección. Fue uno de los fundadores de la Sociedad Antioqueña de Ornitología. Su pasión por las aves permitió incrementar la colección ornitológica significativamente, coleccionando más de 2900 ejemplares de aves. En 1992, asume la dirección el Hermano Luis Alberto Zamudio, en compañía del Hermano Hernán Pulgarin y Licenciado en Biología Afranio Ortiz, lideraron el Museo. se preocuparon por la divulgación del Museo, atrayendo diferentes públicos para el disfrute y deleite de la biodiversidad albergada en este recinto científico y cultural.
