Conformada por cerámica prehispánica, suma un total de 383 piezas obtenidas en diferentes contextos como funerarios y domésticos pertenecientes a los periodos denominados Quimbaya y Marrón Inciso. Estos elementos, con más de 500 años de antigüedad, son evidencia de actividades, tradiciones y rituales propios de las culturas indígenas de nuestro país. La Colección, se encuentra actualmente registrada ante el Instituto Colombiano de Antropología e Historia (ICANH). Sumando a este acervo, el Museo cuenta con 89 objetos etnográficos que van desde trajes ceremoniales, arcos, flechas y vestuario distintivo de diferentes culturas indígenas en Colombia.